Un informe de la Dirección General de Tráfico (DGT) establece que San Rafael se encuentra entre los diez puntos de carreteras secundarias más peligrosos de España. El estudio señala que la N-VI, a su paso por la localidad segoviana, soporta una media diaria superior a los 10.000 vehículos, en un tramo de riesgo de 11,9 kilómetros. Para identificar esos tramos se ha tenido en cuenta el número de accidentes mortales y graves ocurridos en el periodo 2012-2014, la longitud del tramo, el tipo de vía y la intensidad media diaria de tráfico (IMD). Concretamente, en el caso de la travesía de San Rafael se contabilizaron durante esos dos años 11 accidentes, en los que se registró una persona fallecida y 10 heridos graves.
En total se han localizado en España 97 recorridos de riesgo alto, de los cuales 18 son tramos negros, es decir, de riesgo muy alto. En total 3.506 kilómetros. El más peligroso, de acuerdo al informe, repite por tercer año consecutivo. Es el que se encuentra en la N-320, entre Casar de Talamanca (Guadalajara) y el cruce con la M-103 a Algete (Madrid). En esta sección de solo 11,2 kilómetros de longitud se produjeron 10 accidentes mortales, y 6 de ellos se corresponden a usuarios de motocicletas y ciclomotores. En cuanto a su localización geográfica, solo se salvan tres comunidades autónomas al no registrar ningún tramo de alto riesgo: País Vasco, Murcia y Navarra. Por el contrario, en cabeza se sitúan Galicia, Cataluña y Asturias con el mayor número de kilómetros peligrosos. Respecto al informe anterior de 2010, se observa que en el caso de las autopistas se ha reducido el riesgo un 47 por ciento y en las carreteras convencionales esta reducción es del 44 por ciento. Pero si en 2010 la probabilidad de tener un accidente en una vía convencional era el triple que el de una de alta capacidad, en 2015 esa probabilidad, aunque haya disminuido notablemente, se multiplica por cuatro.
El estudio también explica que el perfil de la vía más peligrosa es una carretera convencional de calzada única, con intersecciones a nivel, y una IMD por debajo de 10.000 vehículos por día. El riesgo se acentúa, según los expertos, si es utilizada por muchos tipos de usuarios distintos, peatones, ciclistas, tractores, tráfico pesado, motos, porque existen grandes diferencias de velocidad entre ellos.
En el caso de la travesía de San Rafael, a ambos lados de la calzada se sitúan establecimientos comerciales y hosteleros, por lo que el trasiego de peatones es continuo.