En 1516 muere Fernando el Católico y entra en escena su hijo Carlos, comenzando un nuevo capítulo de la historia de España. Juana y Felipe el Hermoso tuvieron dos hijos varones, Carlos nació en Gante y Fernando en Alcalá de Henares. Carlos heredó los reinos de Castilla y Aragón, lo que aseguraba la unidad bajo un solo gobierno. Era una previsión necesaria, sin embargo, había que tener en cuenta el derecho regio de Juana. Era necesario conciliar los títulos de madre e hijo. Aunque por herencia, Juana era Reina propietaria de las dos Coronas (Castilla y Aragón), no estaba capacitada para ejercer tal derecho. Ya lo había previsto en el testamento su madre Isabel. El modo de solucionar el conflicto sería nombrar Gobernador de Castilla, a Carlos, sucediendo a su abuelo Fernando el Católico y en ausencia de Carlos, designar regente a Cisneros. Sin embargo, el joven Carlos, siguiendo a sus asesores flamencos y algunos españoles, rehusó el nombramiento de gobernador y quiso ser proclamado Rey. No se pretendía desplazar a su madre, sino de compartir con ella el gobierno. En los documentos oficiales debían figurar ambos títulos, precediendo siempre el título de la madre al del hijo: “Doña Juana e Don Carlos, su hijo, reina y rey de Castilla, de León, de Aragón…”.
Esa era la fórmula que fue asumida por Isabel y Fernando en la Concordia de Segovia. Sin embargo, el procedimiento seguido, a juicio del historiador Joseph Pérez, podía calificarse de “golpe de Estado”. Por su parte, Cisneros, bien conocido por su rectitud y firmeza de carácter, se resistió aceptar esa orden. Pero luego comprendió que era la mejor solución para mantener la estabilidad del reino. Y así lo notificó al Consejo Real y a miembros destacados de la alta nobleza. En esa circunstancia, se podía invocar la “razón de Estado”, como bien primordial de la Monarquía.
Proclamado Rey de Castilla junto a su madre, el 4 de septiembre de 1517, Carlos, acompañado de su hermana Leonor, se dirige a España. Al cabo de 12 días de navegación desembarcan en Tazones, una pequeña villa asturiana cercana a Villaviciosa. En su primera visita a España, el futuro Carlos V no fue a Valladolid, donde estaba la Corte, sino a Tordesillas. No se trataba de una decisión política con la intención de ganarse a la opinión pública. Fue una muestra de afecto filial y a la vez, una ocasión de recibir de su madre la aprobación para desempeñar el gobierno del reino. La visita se prolongó durante siete días. Según el cronista flamenco Laurent Vital, el consejero de Carlos, Chièvres, habló directamente a la reina, sin necesidad de intermediarios, pues Juana conocía bien la lengua francesa. En la conversación se refirió a sus dos hijos Carlos y Leonor, que ella, después de tantos años, reconoció un tanto asombrada y confusa, exclamando: “Pero, ¿sois mis hijos?”.
El momento era apropiado para plantear una cuestión muy delicada, como era el gobierno de Castilla. Laurent Vital refiere la conversación de Chièvres con la reina en los términos siguientes: Puesto que, el gobierno del reino de Castilla era una tarea muy ardua y pesarosa, por qué no confiar en su hijo tan difícil empresa. A lo cual, la reina accedió de buena gana consciente de su propia limitación y de la insuperable desgana que sentía por los asuntos de Estado. Aquel reencuentro de Carlos y Leonor con su madre debió ser muy emotivo. Y la conformidad de la reina al gobierno de su hijo como rey de Castilla resultó ser un aval a la fórmula ya adoptada. Se descartaba así cualquier supuesta ilicitud relativa al gobierno del hijo en vida de la madre. Unos años después, con motivo de la revuelta comunera, volvería a estar comprometido el propio gobierno de Carlos. La quietud que solía reinar en Tordesillas se quebró cuando los Comuneros entraron, llegando hasta los mismos aposentos de la Reina cautiva. La estabilidad del reino quedaba amenazada y con ello el gobierno de Carlos.
La revuelta comunera fue un incendio que se propagó rápidamente. El 29 de agosto de 1520, los cabecillas comuneros Juan de Padilla, Juan Bravo y Francisco Zapata entraron en Tordesillas. Durante dos meses y medio, la Junta comunera trató de convencer a la reina para que ejerciera sus derechos regios, lo cual implicaba enfrentarse a su hijo. La situación era confusa y muy comprometida, no sólo para la reina, consciente de las consecuencias de su decisión, sino también para muchos que se preguntaban sinceramente, si doña Juana estaba en condiciones de gobernar libremente, ya que podía ser víctima de intereses particulares. El 24 de septiembre de 1520, se celebró la primera audiencia con la Reina. Juana parecía dar señales de recuperación, pero se mantuvo indecisa a la hora de aceptar el compromiso de gobernar y se negó rotundamente a firmar nada. “Fue su obstinación la que salvó a Carlos V”, concluye el citado Joseph Pérez. Se comprende que Juana, además de sentirse incapaz para gobernar, rehusara enfrentarse a su hijo. Al surgir la división entre los comuneros, la operación fracasó. Y al finalizar el año la Villa fue tomada por el ejército imperial.
En diciembre de 1520, Juana tenía cuarenta y un años de edad y seguiría en cautiverio hasta su muerte en 1555, cumplidos los setenta y cinco. Una longevidad que superaba la de cualquier soberano del siglo. Los treinta y cuatro años que siguieron a la incursión comunera, serían un largo y monótono cautiverio agravado por su deterioro físico, tan sólo aliviado por los consuelos de algunas visitas. Las más relevantes, sin duda, las recibió de su hijo Carlos V. Según detalla M. Fernández Álvarez, fueron al menos doce, a lo largo de su febril actividad como emperador. Señalamos algunas de ellas. Después de la primera visita acompañado de su hermana Leonor, a los dos meses, Carlos V volvió a Tordesillas, donde residió durante siete días. Tras la revuelta comunera, visitó a doña Juana, el 2 septiembre de 1522, y en tres ocasiones, al año siguiente. En 1524 establece su Corte en Tordesillas durante más de un mes, con la finalidad de afrontar problemas suscitados por la descuidada atención que recibía su madre, cuyo último responsable era el marqués de Denia, que estaba al mando de la Corte personal de Juana. Al cabo de diez años, ausente de España, Carlos V anuncia su regreso y pide a la Emperatriz, que le espere en Tordesillas “en la cámara de la Reina”, su madre. Era el 19 de diciembre de 1536 cuando se reúne con su mujer y sus hijos hasta el 28 de diciembre, para celebrar en familia la Navidad. En 1538, Carlos V vuelve a Tordesillas acompañado de la Emperatriz. En 1543, se agrava la situación en los Países Bajos y Carlos V es requerido con urgencia. Ya no volvería a España hasta 1556 buscando el retiro de Yuste, donde acaba sus días. Unos meses antes había muerto la Reina Juana de Castilla. Era el 12 de abril de 1555, el día de Viernes Santo. Los últimos meses de su conmovedora y dramática existencia estuvo asistida espiritualmente por el teólogo Domingo de Soto y por Francisco de Borja.
