Casey Stoner, vencedor en la carrera inaugural en Catar, consiguió la primera posición en la parrilla con un tiempo de 1:38.757 y una ventaja de más de una décima sobre Pedrosa y Lorenzo, antes de salirse a la pista en los últimos instantes de sesión.
Por su parte, Dani Pedrosa consiguió arrebatarle la segunda posición a Jorge Lorenzo por tan sólo tres milésimas en la última vuelta del piloto catalán. Del resto de españoles, Héctor Barbera (Ducati) acabó decimotercero y Toni Elías (Honda), en decimoséptima y última posición.
Por último, Valentino Rossi (Ducati) sufrió su primera caída con Ducati en los primeros minutos de la sesión clasificatoria, cuando al abrir gas en la curva ocho perdió el control del tren delantero de la Ducati y no pudo evitar acabar en el suelo. No obstante, el piloto italiano continuó en la sesión, pero tan sólo pudo ser duodécimo.
