No está claro el origen de su nombre pero se cree que este podría ser árabe (melic o malik), traduciéndose como «el señor» o «el amo», haciendo referencia a «las tierras del amo» pero, también se le da un origen latino, de nombre de varón como Malcus o Marcos. En cualquier caso, no se añadió el «de Cercos» hasta el siglo XIX. Estos «apellidos» que se añadían al nombre principal de las poblaciones se utilizaban, principalmente, para diferenciar a varias poblaciones con igual nombre principal o para distinguir la pertenencia a una comarca o para hacer un homenaje al patrono. En el caso de Melque de Cercos, su apellido proviene del nombre del Arrollo de Cercos que, nace a los pies del Monte de Acedos, en Muñopedro, pasa por Melque de Cercos y desemboca en el Voltoya, en el término de Aldeanueva del Codonal.
Según los estudios realizados, Melque de Cercos se fundó en el siglo XI tras la batalla de Simancas, como casi todas las aldeas al sur del Duero y, se da por hecho, que existe desde que se construyó su primera iglesia, Santa María, del siglo XII, que es de estilo románico en ladrillo, o mudéjar.
